市政
市役所庁舎
旧甲西町役場を東庁舎、旧石部町役場を西庁舎として使用。西庁舎には、教育委員会が入る。
* 湖南市役所東庁舎:〒520-3288 湖南市中央一丁目1番地
* 湖南市役所西庁舎:〒520-3195 湖南市石部中央一丁目1番1号
行政
* 市町村長/市長
初代:谷畑英吾(旧甲西町の最後の町長も務めた。) 任期:2004年11月7日 - 2008年11月6日、2008年11月7日 - 2012年11月6日(無投票再選、現在二期目。)
* ''' 市長部局 '''
湖南市事務分掌条例に基づき、市長の権限に属する事務を処理するため、'''総務部'''(秘書広報課、総務課、企画財政課、管財契約課、まちづくり推進課、人権政策課)、'''市民生活部'''(市民課、税務課、保険年金課、環境課、安心安全課、市民生活課)、'''健康福祉部'''(健康政策課、社会福祉課、高齢福祉介護課、子育て支援課、地域医療推進課、保健福祉課)、'''産業建設部'''(建設課、住宅課、産業振興課、都市計画課、上下水道課)の4部が設置されている。また、教育委員会の下に、教育委員会の事務を処理するために'''事務局'''(教育総務課、学校教育課、生涯学習課、人権教育課)が設置されている。さらに、選挙管理委員会、監査委員、公平委員会、農業委員会、固定資産評価審査委員会などの行政委員会が設置されている。
議会
湖南市議会は、2004年10月1日の市発足と同時に発足し、合併前の旧石部町議会議員16名および旧甲西町議会議員20名の計36名が在任特例により市議会議員となった。2004年10月8日に初議会を開き、議長に矢野進次、副議長に中野栄徳を選出した。最初の議員の任期は2005年10月31日までの1年1か月となった。
合併後初めての市議会議員選挙は、2005年10月16日に告示され、26人(現職23人、新人3人)が立候補した。10月23日投開票され、24人が当選(現職21人、新人3人)、2005年11月7日に初議会が招集され、議長に立入勲、副議長に福島清彦を選出した。会派構成は、新政会(代表・矢野進次、12人)、湖南市日本共産党議員団(代表・坂田政富、3人)、公明党湖南市議員団(代表・鈴木美智枝、3人)、無所属住民派クラブ(代表・植中都、2人)、湖南クラブ(代表・松本浩有、2人)、無会派1人で新政会から議長が選出された。
2006年5月17日、報酬審議会への諮問に端を発した市長との関係や、新政会内の会派運営の民主化を主張したグループが離脱して「会派輝」(代表・中村武治、4人)を結成、2007年2月28日に県議会議員選挙出馬のため1人が議員辞職したため新政会は7人となり、同年3月30日に同じく県議会議員選挙出馬のため1人が自動失職したことで、無所属住民派クラブは1人となり会派資格を喪失した。
議員報酬は2007年4月から引き上げられるとともに、議会改革に関して、2007年12月4日に議員定数を4削減し20とする条例案が可決され、2009年7月24日には議場のインターネット中継を行うための予算案が可決された。発言通告制導入や市民に開かれた議会づくり、委員会制度のあり方、さらなる議員定数削減などの課題を抱える。次回の市議会議員選挙は、2013年10月に行われる。
議会事務局は、湖南市議会事務局設置条例に基づき設置され、4名の職員がいる。